Để tiện việc sử dụng, chúng ta thường chưng yến chia đề vào các hủ thủy tinh để sử dụng lâu ngày. Nhưng như những thực phẩm thường ngày khác, yến chưng sẵn có chứa các chất hữu cơ từ yến và đường là một môi trường cực kỳ thuận lợi cho các vi khuẩn phát triển nếu không bảo quản kỹ. Quá trình lên men hay vi khuẩn xâm nhập sẽ xảy ra khi gặp nhiệt độ thuận lợi.

Chính vì thế một số dấu hiệu sau đây sẽ giúp nhận thấy yến chưng hủ đã bị hỏng không nên tiếp tục sử dụng:

❶ Sủi bọt khí liên tục, vi khuẩn yếm khí sẽ liên tục tạo CO₂.

❷ Nước yến bị đục, nước chưng yến và yến đã chưng mới thường trong suốt.

❸ Có vị chua.

❹ Không còn mùi thơm tanh của yến hay mùi thơm của gia vị chưng kèm.

❺ Trong một số trường hợp, độ sánh nở của yến bị mất, yến và nước sẽ tách làm hai phần rõ rệt.

Đối với yến chưng hủ không chứa chất bảo quản, nên được đặt trong ngăn mát tủ lạnh giúp thời gian sử dụng sẽ dài ngày hơn từ 10 đến 15 ngày. Ngoài ra thành phần chưng yến cũng ảnh hưởng đến thời gian bảo quản như yến chưng cùng đường phèn sẽ có thể bảo quản lâu hơn khi chưng kèm các gia vị táo đỏ, kỷ tử, hạt sen…